Mesmo para as operações com mercadorias cuja incidência trbutária seja desonerada (isenção, imunidade, base de cálculo reduzida para zero) mantém-se a exigência de emissão da nota fiscal quando da circulação. Veja-se, por exemplo, previsão expressa no Estatuto Nacional da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte. Em que pese tais desonerações muitas vezes representarem a exclusão do débito de ICMS, a emissão de documentos fiscais, além de sustentarem a exigência de outros tributos (Imposto de Renda, por exemplo), servem de referência para a apuração do índice de participação dos municípios no produto de arrecadação do ICMS de cada Estado. O mesmo raciocínio serve para operações ao abrigo do diferimento (por exemplo, saídas de mercadorias de produtores primários) quando também o sistema jurídico, em regra, não prescinde da emissão do documento fiscal exigido na legislação, sob pena de ser cobrado do remetente o ICMS da operação.